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5×Q-Solution

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一、模板DNA:PCR反應需要模板DNA,如從細胞、組織、血液中提取DNA等;

二、引物:PCR反應的兩個引物,分別與模板DNA的兩端配對擴增所需的特定區(qū)域,引物也可以合成為TA克隆等過程中使用到的引物;

三、dNTPs:PCR反應中需要四種dNTPs,包括脫氧腺苷酸(dATP)、脫氧胸苷酸(dCTP)、脫氧鳥苷酸(dGTP)、脫氧胞嘧啶酸(dTTP),用于細胞分裂、DNA合成         等生物學過程,用于PCR擴增的模板DNA鏈的延伸和擴增;

四、Taq DNA聚合酶:PCR反應需要的聚合酶,一般使用Taq聚合酶,還有一些其他種類的聚合酶如PFU、Phusion等,用于擴增DNA鏈;

五、PCR buffer溶液:對PCR反應具有緩沖作用,調節(jié)反應pH,硫代硫酸氫鹽SDS、小分子有機化合物如甲醛,可增強PCR反應特異性,從而提高反應效率;

六、酶切體系:PCR擴增往往涉及到重組、構建和測序等等實驗步驟,常常需要進行酶切操作。

七、MARK:一種分子量標準,用來判別DNA片段大小的工具。

八、DNA純化試劑盒:用于純化PCR反應產物;


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①Oligo dT
選擇Oligo dT時,要求RNA必須有Poly A,所以真核生物的mRNA都適用。適合長鏈甚至全長mRNA的RT,對RNA樣品的質量要求較高,不要有明顯的DNA污染、RNA降解和RNA斷裂。假如想探索新的mRNA進行RT反應,建議推薦使用Oligo dT引物。使用Oligo dT引物要比隨機引物和特異性引物的穩(wěn)定性要好。
②隨機引物
適合各種RNA的RT,尤其適合模板豐度很低的情況(比如某個gene表達量很低)。選擇隨機引物時,鏈cDNA合成反應中就是以所有的RNA為模板,然后進行PCR反應時設計引物進行特異性擴增。同時要注意隨機引物的量和總RNA量之間的關系,一般建議每5µg總RNA的隨機引物的用量為50ng,如果每5µg總RNA的隨機引物的用量超過250ng,可能會導致小片段產物(<500bp)的增加和長片段、全長產物的降低。
③特異性引物
基因特異性引物(GSP)是某個基因序列的一部分,與模板互補的引物。該引物需要結合目標RNA的已知序列進行設計。由于引物和RNA序列特異性結合,每個目標RNA都需要一套新的基因特異性引物。因此,當分析多種目標時,則需要適用更多的RNA樣本。而且不同引物退火溫度本來就不相同,所以一般不推薦使用。如需要使用特異性引物,建議對退火溫度進行優(yōu)化。

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