全自動固相萃取實質(zhì)上是一種液相色譜分離，其主要分離模式也與液相色譜相同，可分為正相（吸附劑極性大于洗脫液極性），反相（吸附劑極性小于洗脫液極性），離子交換和吸附。固相萃取所用的吸附劑也與液相色譜常用的固定相相同，只是在粒度上有所區(qū)別。
正相固相萃取所用的吸附劑都是極性的，用來萃取（保留）極性物質(zhì)。在正相萃取時目標(biāo)化合物如何保留在吸附劑上，取決于目標(biāo)化合物的極性官能團與吸附劑表面的極性官能團之間的相互作用，其中包括了氫鍵π-π鍵相互作用，偶極5 偶極相互作用和偶極5 誘導(dǎo)偶極相互作用以及其他的極性 - 極性作用。正相固相萃取可以從非極性溶劑樣品中吸附極性化合物。
反相固相萃取所用的吸附劑通常是非極性的或極性較弱的，所萃取的目標(biāo)化合物通常是中等極性到非極性化合物。目標(biāo)化合物與吸附劑間的作用是疏水性相互作用，主要是非極性 非極性相互作用，是范德華力或色散力。
離子交換固相萃取所用的吸附劑是帶有電荷的離子交換樹脂，所萃取的目標(biāo)化合物是帶有電荷的化合物，目標(biāo)化合物與吸附劑之間的相互作用是靜電吸引力。
全自動固相萃取中吸附劑（固定相）的選擇主要是根據(jù)目標(biāo)化合物的性質(zhì)和樣品基體（即樣品的溶劑）性質(zhì)。目標(biāo)化合物的極性與吸附劑的極性非常相似時，可以得到目標(biāo)化合物的保留（吸附）。兩者極性越相似，保留越好（即吸附越好），所以要盡量選擇與目標(biāo)化合物極性相似的吸附劑。例如：萃取碳氫化合物（非極性）時，要采用反相固相萃?。ù藭r是非極性吸附劑）。當(dāng)目標(biāo)化合物極性適中時，正、反相固相萃取都可使用。吸附劑的選擇還要受樣品的溶劑強度（即洗脫強度）的制約。
樣品溶劑的強度相對該吸附劑應(yīng) 該是較弱的，弱溶劑會增強目標(biāo)化合物在吸附劑上的保留（吸附）。溶劑強度在正、反固相萃取中的順序是不同的（見圖10-2-14）。如果樣品溶劑的強度太強，目標(biāo)化合物將得不到保留（吸附）或保留很弱。例如：樣品溶劑是正己烷時用反相固相萃取就不合適了，因為正己烷對反相固相萃取是強溶劑（見圖10-2-14），目標(biāo)化合物將不會吸附在吸附劑上；當(dāng)樣品溶劑是水時就可以用反相固相萃取，因為水對反相固相萃取是弱溶劑，不會影響目標(biāo)化合物在吸附劑上的吸附。
全自動固相萃取選擇分離模式和吸附劑時還要考慮以下幾點：
?、倌繕?biāo)化合物在極性或非極性溶劑中的溶解度，這主要涉及淋洗液的選擇。
?、谀繕?biāo)化合物有無可能離子化（可用調(diào)節(jié)pH值實現(xiàn)離子化），從而決定是否采用離子交換固相萃取。
?、勰繕?biāo)化合物有無可能與吸附劑形成共價鍵，如形成共價鍵，在洗脫時可能會遇到麻煩。
?、芊悄繕?biāo)化合物與目標(biāo)化合物在吸附劑上吸附點的競爭程度，這關(guān)系到目標(biāo)化合物與干擾化合物能否很好分離。
